Emel TÜTEN SEVİM, Kemal KARABAĞ

DNA Dizileme Temelli Haplotip Analizlerinde Kullanılan Bazı Yazılımlar

Genetik kaynakların ve çeşitliliğin belirlenmesi ıslah programlarının ilk adımını teşkil eder. İstenilen özelliklerin seleksiyonuna başlamadan önce mevcut genetik potansiyelin belirlenmesini ve genotipik değerlerin tespitini sağlayan birçok moleküler yöntem kullanılmaktadır. PCR teknolojisine dayalı birçok moleküler yöntem (RAPD, RFLP, AFLP, SSR ve DNA dizi analizi vb.) kullanılarak popülasyonlarının tanımlanması, verim ve direnç ile ilgili genlerin belirlenmesi, filogenetik ilişkilerin ortaya konulması gibi konularda yoğun çalışmalar sürdürülmektedir. Buna paralel olarak moleküler yöntemlerden sağlanan veri setlerinin analizleri için birçok yazılım geliştirilmiş ve biyoinformatik bilim alanı doğmuştur. Bu çalışmada, DNA dizi analizleri sayesinde SNP’lerin (Single Nucleotide Polymorphism’s=Tek Nükleotid Polimorfizm) belirlenerek haplotip analizlerinin yapılması, popülasyonlar arası ve popülasyonlar içi genetik uzaklıkların hesaplanması ve filogenetik ilişkilerin belirlenmesi için kullanılan bazı yazılımlar ve analizleri hakkında bilgi verilmesi amaçlanmıştır.

Some Software’s Used in DNA Sequencing Based Haplotype Analysis

Determination of genetic resources and their diversity constitutes are the initial step of the breeding programs. Before starting to the selection of the desired properties, many molecular methods are used to determine the existing genetic potential and determine the genotypic values. Many molecular methods (RAPD, RFLP, AFLP, SSR and DNA sequencing etc.) based on PCR technology are used to identify populations, identify genes related to yield and resistance, and demonstrate phylogenetic relationships. Many software’s for the analysis of molecular datasets obtained from molecular methods have been developed and the field of bioinformatics was born. In this study, after DNA sequence analysis; it is aimed to give information about haplotype analysis by determining SNPs (Single Nucleotide Polymorphism's) in individuals of populations, calculation of the genetic distance among populations and within populations, and software and analysis used for phylogenetic tree drawing.

PDF

___

Bandelt HJ, Forster P, Röhl A. 1999. Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies. Molecular Biology and Evolution, 16: 37-48.

do Prado Paim T, Faria DA, McManus C, Lanari MR, Esquivel LC, Cascante MI, Mezzadra CA. 2019. New world goat popülations are a genetically diverse reservoir for future use. Scientific reports, 9(1): 1476.

Excoffier L, Laval G, Schneider S. 2006. ARLEQUİN version 3.01: an integrated software package for popülation genetics data analysis. University of Bern, Institute of Zoology, Switzerland. http://cmpg.unibe.ch/software/Arlequin3

Godinez CJP, Nishibori M, Matsunaga M, Espina DM. 2019. Phylogenetic Studies on Red Junglefowl (Gallus gallus) and Native Chicken (Gallus gallus domesticus) in Samar Island, Philippines using the Mitochondrial DNA D-Loop Region. The Journal of Poultry Science, 0180131.

Huson DH, Bryant D. 2006. Application of Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies, Molecular Biology Evolution, 23(2): 254-267.

Goud TS, Upadhyay RC, Onteru SK, Pichili VBR, Chadipiralla K. 2019. Identification and sequence characterization of melanocortin 1 receptor gene (MC1R) in Bos indicus versus (Bos taurus X Bos indicus). Animal Biotechnology, 1-12

Li J, Liu S, Li Z, Zhang S, Hua G, Salzano A, ... & Yang L. 2018. DGAT1 polymorphism in Riverine buffalo, Swamp buffalo and crossbred buffalo. Journal of Dairy Research, 85(4), 412- 415.

Özdil F, İlhan F. 2012. Diversity of Apis mellifera Subspecies from Turkey Revealed by Sequence Analysis of Mitochondrial 16s rDNA Region, Biochemical Genetics, vol. 50, pp. 748-760

Péntek‐Zakar E, Oleksa A, Borowik T, Kusza S. 2015. Popülation structure of honey bees in the Carpathian Basin (Hungary) confirms introgression from surrounding subspecies. Ecology and Evolution, 5(23): 5456-5467.

Rozas J, Librado P, Sanchez-Delbarrio JC, Messeguer X, Rozas R. 2010. Universitat de Barcelona Current Released Version: 5.10.1

Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. 2013. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30: 2725-2729.

Ünal G. 2016. “Trakya bölgesindeki bal arılarında (Apis Mellifera l.) MtDNA sitokrom c oksidaz altbirim I (COI) geni analizi”. YL Tezi, Fen Bilimleri Enstitüsü, NKÜ, Tekirdağ

Zhang Z, Schwartz S, Wagner L, Miller W. 2000. A greedy algorithm foraligning DNA sequences. Journal of Computational Biology, 7: 203-214.

Zhou S, Cai B, He C, Wang Y, Ding Q, Liu J, Li C. 2019. Programmable base editing of the sheep genome revealed no genome-wide off-target mutations. Frontiers in Genetics, 10.